Kamar Bedah adalah salah satu fasilitas yang ada di rumah sakit dan yang dipergunakan untuk pasien yang membutuhkan tindakan operasi atau bedah, terutama untuk tindakan operasi besar. Rumah Sakit Anugerah Bunda Khatulistiwa menyediakan 5 kamar bedah yang dilengkapi dengan peralatan pendukung di dalamnya.
Selain 5 kamar bedah tersebut, Rumah Sakit Anugerah Bunda Khatulistiwa juga menyediakan fasilitas unggulan di dalamnya seperti : Mesin Laparoskopi, Mesin Anestesi, Mesin Histeroskopi, Mesin Endoskopi dan Alat Colposcopy, 1 ruang Pre-operasi dengan 2 tempat tidur dan 1 ruang Pemulihan dengan 6 tempat tidur.